Начало деятельности инквизиции как особого церковного суда для борьбы с ересью и свободомыслием было положено в 1198 папой Иннокентием III. Начал Иннокентиий III с того, что в 1204 г. в борьбе с язычниками поручил монахам ордена цистерианцев в качестве посланцев папы с исключительными полномочиями истребить альбигойскую ересь на юге Франции.Позже в 1209 году он организовал крестовый поход на северофранцузских рыцарей альбигойцев. Истребления людей на севере Франции учиненные этой "карательной бригадой" продолжались с 1209 по 1229 год. Это было начало. Официально по всей Европе инквизиция получила добро на Вселенском (IV Лютеранском) соборе в 1215 г. Инквизиция просуществовала не 300 лет, а более шести веков и была отменена папой в 1835 году.
В 1327 году за мнение о том, что земля круглая инквизицией был сожжен на костре выдающийся астроном Чекко д'Асколи.
В 1553 году на костер был отправлен великий испанский мыслитель и врач Мигель Сервет. Его вина заключалась лишь в том, что он посмел выдвинуть идею о существовании малого круга кровообращения и предугадал его физиологический смысл.
В XV веке испанская инквизиция казнила математика Вальме-са только за то, что тот решил уравнение невероятной сложности. А это, по мнению церковных властей, было "недоступно человеческому разуму".
В 1600 году в Риме по приговору инквизиции за пропаганду гелиоцентрической теории Коперника был сожжен на костре знаменитый итальянский философ, астроном, математик и поэт Джордано Бруно.